会。根据相关规定，房贷扣款余额不足在补上后进行第二次扣除。一般来说，系统发起自动扣款后，扣款资金不满足本期应扣款金额，系统并不会立即发起第二次扣款。在系统未进行第二次扣款之前，用户可以选择主动还款，以确保本期贷款按时还款。

当然，用户也可以等待系统第二次扣款。一般来说，在还款当日系统会发起多次扣款，每次扣款会间隔一定的时间。首次发起扣款后，若系统只扣除了部分还款金额，那么间隔一段时间后系统会发起第二次扣款。在此期间，用户可以将剩余待还款的部分金额存入银行卡中，之后耐心等待系统发起自动扣款。

需注意的是，在系统扣款期间，用户一定要保证自己的还款银行卡处于正常状况，若还款银行卡处于挂失、注销等异常状态，很可能造成房贷扣款失败，从而导致逾期。通常来说，系统扣款成功后，用户的银行卡余额会发生变化，用户可以通过查询银行卡余额了解是否扣款成功。

房贷还款日余额不足怎么处理?

房贷还款日余额不足，客户有以下几个处理办法：

1、尽快补充还贷资金避免逾期。客户只要在房贷还款日24时以前还上了贷款就不是逾期，不会对客户带来负面的影响。不过如果时间太晚的话，银行可能不会再自动扣款，需要客户手动还款。

2、与银行协商延期还款。房贷是可以协商还款的，在客户遇到了一些客观情况导致暂时无法还上贷款的时候，可以尝试联系银行，说明情况申请延期还款。

不过想要向银行申请延期还款，可能需要客户提前向银行申请，因为银行审批需要花费一些时间，如果客户在还款日当天再申请，在时间上面可能会来不及，银行不一定会审核的过来，可能会导致客户房贷逾期。

如果客户错过了房贷还款日还未还款就是逾期，将要承担以下后果：

1、征信报告会受到伤害。银行会将客户的逾期情况上报征信，征信上一旦留下污点，会影响客户以后开展信贷活动。

2、会被银行催收。客户逾期以后银行肯定会催收，会通过电话或者是短信的形式来督促客户还款。

3、将被银行计算罚息。客户的房贷逾期就会产生逾期罚息，罚息按天计算，客户逾期的时间越长，产生的罚息也就越多。

4、房贷合同可能会被提前终止。如果客户出现了“连三累六”这种比较严重的逾期行为，银行就会按贷款合同上面的规定终止贷款合同，要求客户提前偿还房贷。

5、按规定处置抵押的房产。如果被银行提前终止房贷以后客户无力还款，那么银行就会按规定处置客户的房产。

所以客户在还房贷的时候需要保持良好的还款记录，否则将承担比较严重的后果。